在收购方进行项目实地考察及内部评估、股权收购双方确定股权收购对价后，双方进入合作协议谈判阶段，即交易模式设计阶段。在双方具体设计交易模式时，以下问题需重视：
（一）股权收购溢价款的避税处理问题
转让方虽不能自行开发，但其在转让项目公司股权时，其“转让对价”或称“收购对价”肯定高过其实缴资本或原股权取得成本。按相关法律法规规定， 转让方需就股权转让所得缴纳高达 25%的企业所得税（自然人股东为 20%），这就必然产生股权转让大额溢价的避税处理问题。
具体来说，拆分交易价款主要是两个思路：
一个是将交易总价拆分为股权转让款（平价转，与原注册资本数额相同）以及收购方（新股东）对目标公司的借款，由目标公司利用收购方提供的借款归还原股东对目标公司的借款本息的方式帮助原股东取得实质的转让款（原股东取得的借款本息实质为溢价款）；
二是将交易总价拆分为股权转让款（平价转，与原注册资本等额）和前期工作委托费用，由收购方（新股东）以借款形式注入到目标公司后，目标公司以前期工作费用、更新项目立项申报费用、拆迁补偿、清租费用等名目支付给原股东或原股东的关联方（该类费用实际上属于溢价款）。
1、偿还股东借款及利息
在股权收购溢价款避税处理的方式上，通过收购方借款给目标公司，然后归还原股东借款及利息从而套出股权收购款的方式，是最为常见的一种。该方式以目标公司存在应付原股东借款为前提，特殊的，针对特定公司可通过做账形式实现。除借款本金外，利息亦存在一定操作空间，但需注意利息收入的增值税和所得税处理问题。
在具体谈判中，应核实目标公司应付原股东借款数额，从而将借款数额“匹配”到股权收购溢价款中。如原股东对目标公司的借款本息与实际溢价款金额差异较大，则可以同时搭配下述以成本或费用形式转出溢价款的方法。
2、成本或费用形式转出
“成本或费用形式转出”方式，与“偿还股东借款及利息方式”操作原理一致，均需借款给目标公司。该方式在具体实操中，通常通过建安成本、拆迁费用、前期拆迁补偿等形式实现溢价收购款的转出。
但在该方式中，成本或费用形式本身存在一定成本和风险。以开发企业惯用的拆迁补偿款为例，针对个人可行性较高，但存在个人依据“阴合同”追偿的风险；针对企业，如该企业自身并无亏损，对于如此大数额的拆迁补偿款，其亦需 缴纳相应补偿款25%的企业所得税。
当然，除以上2种方式外，“以往来款形式转出后做坏账处理”、“做成长期股权投资后作亏损处理”等形式均可用于股权收购溢价款的税务处理，但该几类方式因税务稽查风险大，一般应用较少。
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